هدف دوره تحصیلات تکمیلی مهندسی محیط زیست، آموزش افرادی است که دارای توانائی‌های لازم جهت طراحی و نظارت برحس اجرای پروژه‌های تخصصی در زمینه‌های مختلف مهندسی محیط‌زیست بوده و در ضمن قادر به انجام تحقیقات لازم جهت حل مسائل و مشکلات زیست محیطی کشور باشند. از جمله پروژه‌های تخصصی مورد نظر این برنامه عبارتند از:

• شناخت و کنترل آلودگی منابع آب، خاک و هوا
• طراحی تأسیسات آب و فاضلاب شهری، روستایی و صنعتی
• کنترل آلودگی‌های حاصل از مواد زائد جامد

این دوره با طیف گسترده آموزشی و موضوعات تحقیقاتی می‌تواند با سایر دوره‌های کارشناسی ارشد فنی و مهندسی مانند: عمران، شیمی و مکانیک مرتبط باشد.

گرایش‌های تخصصی:

با توجه به تنوع موضوعات در رشته مهندسی محیط زیست گرایش‌های زیر تعیین شده‌اند:

• آب و فاضلاب
• مواد زائد جامد
• هوا
• منابع آب

برخی از دروس ارائه شده در این گرایش عبارتند از:

• شناخت و مديريت برنامه ريزی محيط زيست
• تصفيه آب
• تصفيه فاضلاب
• آلودگی هوا و روش‌های كنترل آن
• آلودگی مواد زائد جامد و روش‌های كنترل آن
• دينامیک سيالات محاسباتی
• تئوری لايه مرزی
• هيدرولیک محاسباتی
• هيدروژئولوژی
• هيدرولوژی آماری پيشرفته
• تحليل سيستم‌های منابع آب 
• مدل‌های كيفی در منابع آب 
• هيدرودينامیک پيشرفته 
• مهندسی كنترل سيل 
• برنامه‌ريزی غيرخطی و پويا
• جريان‌های غيرماندگار
• رياضيات عالی مهندسی
• روش اجزای محدود در هيدرولیک محاسباتی
• طراحی پيشرفته شبكه‌های آب و فاضلاب 
• اثرات زيست محيطی توسعه آب
• مكانیک جريان‌های دو فازه
• جريان‌های لايه‌ای (منطبق) 
• تئوری امواج
• مكانیک انتقال رسوب
• نظريه تلاطم 
• مدل‌های كيفی در منابع آب 
• تصفيه فاضلاب‌های صنعتی
• هيدرولوژی مهندسی پيشرفته 
• طراحی تصفيه‌خانه آب و فاضلاب
• فرايندفيزيكی و شيميایی و بيولوژيکی
• آزمايشگاه عمليات واحد در آب و فاضلاب
• انتقال و توزيع آب 
• جمع|‌آوری و كنترل فاضلاب و آب‌های سطحی
• بازيابي و استفاده مجدد از فاضلاب
• ميكروبيولوژی آب و فاضلاب
• توسعه منابع آب‌های زيرزمينی
• هيدرولوژی آب‌های زيرزمينی و آلودگی آنها
• هيدرودينامیک آب‌های سطحی
• آلودگی آب های سطحی و زيرزمينيی
• آلودگی دريایی و روش‌هايی كنترل آن
• مديريت كيفی منابع آب
• آلودگی خاک
• جمع‌آوری اطلاعات و بررسی محيط زيست به وسيله دوركاری
• جمع‌آوری و حمل و نقل مواد زائد جامد
• شناخت كمی و كيفی مواد زائد جامد و دفن بهداشتی
• پردازش و بازيافت مواد زائد جامد
• كمپوست
• مواد زائد خطرناک
• هواشناسی
• كنترل انتشارآلاینده‌ها در هوا
• كنترل آلودگی‌های جوی
• اندازه‌گيری و ارزشيابی آلودگی‌های هوا
• تهويه صنعتی
• آلودگی صدا و كنترل آن
• مهندسی رودخانه
• و ... 

منبع: مصوب دویست وپنجاه و ششمین جلسه شورای عالی برنامه‌ریزی، مورخ ۱۳۷۲/۵/۲