نرم افزار PHASE پکیجی است که استنتاج فیلوژنتیک مولکولی را اجرا می‌کند. این نرم‌افزار به دنبال مقایسه دقیق نتایج مولکولی برای تعیین روابط تکاملی بین گروهی از گونه‌ها است.

این بسته مخصوصا برای استفاده با دنباله‌های RNA که یک ساختار ثانویه محافظت شده مانند rRNA و tRNA است، طراحی شده است. به خوبی مشخص است که جایگزینی جبران کننده در نواحی جفت ساختارهای ثانویه RNA رخ می‌دهد؛ این بدان معنی است که جایگزینی در هر طرف از جفت با جایگزینی در طرف دیگر رخ می‌دهد. در بیشتر برنامه‌های فیلوژنتیک فرض می‌شود که هر سایتی در یک تکامل مستقل مولکولی از دیگران است اما این فرض برای ژن‌های RNA معتبر نیست.

مدل‌های جایگزینی تکامل دنباله‌ای که در آن‌ها جفت سایت‌ها نسبت به سایت‌های تکی سنجیده می‌شوند، در این بسته همراه با مدل‌های جایگزینی نوکلئوتیدی استاندارد که امروزه استفاده می‌شوند، اجرا می‌شوند. وقتی که یک مولکول RNA با یک ساختار ثانویه در ارتباط با یک مدل جایگزینی RNA استفاده می‌شود، PHASE نیاز به یک ساختار بر اساس توالی جایگزینی با ساختار ثانویه متعارف نشان داده شده در براکت و ثبت نقطه در بالای مسیر دارد.

در حال حاضر معمول است که آنالیز ترکیبی داده‌های دنباله‌ای ناهمگن اجرا شود، زمانی که نوکلئوتیدها با الگوهای تکاملی متفاوت برای مجموعه‌ای از گونه‌های مورد مطالعه مرتب شده است.

منبع: +

مترجم و تهیه کننده: محبوبه پوریوسفی